Il toponimo Nese è di origine sconosciuta, non sappiamo se deriva dalla presenza del torrente Nesa, o se il torrente Nesa prende il nome dall’insediamento. Certo è che le prime notizie di Nese si hanno già a partire dal I secolo D. C., grazie alla testimonianza fornita da una lapide rinvenuta, murata, nel campanile della chiesa parrocchiale di San Giorgio. Lapide che attesta l’esistenza di Nese e Brumano poco dopo l’arrivo dei romani. In quel tempo Nese controllava la strada diretta a Poscante e quindi la valle Brembana. Va ricordato che a cavallo tra 1500 e 1600 le frazioni Büsa ed Olera erano in parte amministrate proprio dal comune brembano di Poscante.
Le testimonianze documentarie sono precoci, tra le altre abbiamo:
- Un atto di vendita dell’810 che parla di un certo “Abelli abitator in Anesio” che vendeva il suo fondo.
- Un documento del 987 che riporta “in vico et fundo Annexie, locus qui dicitur Maro”.
- Gli statuti di Bergamo del 1331 e del 1421, che citano Nese quale comune autonomo; per concessione del vescovo di Bergamo.
- I documenti prodotti dal comune di Nese nel 1392 con i quali vengono stabiliti i confini.
- Un documento del 1466, forse andato perduto, che sancisce la definitiva separazione da Ponteranica, con il quale faceva comune.
- Gli scritti di Giovanni da Lezze che ci informano del fatto che, nel 1596, Nese comprendeva le località Büsa, Gustinelli, Belvedere, Tresca di Sotto, Burro, Nesa e Grumello, contava 456 abitanti ed aveva un'entrata di 600 lire annue dovute alla rendita della produzione di castagne dei boschi comunali.
- I “Capitoli e Regole” firmati dal capitano veneto Alvise Contarini che ponevano le linee guida per la buona amministrazione del comune di Nese, datati 1749.
- Un disegno rinvenuto presso l’archivio Fantoniano di Rovetta che riporta lo stemma del comune di Nese, eseguito dall’architetto Giovan Battista Caniana.
Gli abitanti di Nese si dedicavano all’agricoltura, sviluppatasi attorno alle rive del torrente Nesa e sulle colline circostanti; ne sono testimonianze i piani scavati ed ancora riconoscibili dei ronchi. Altra attività era quella estrattiva, sappiamo della presenza di una miniera d’argento che però si esaurì presto e di cui ora si sono perse le tracce.
A seguito della caduta della Repubblica Veneziana, avvenuta nel 1797, Nese entra a far parte del Cantone di Alzano. Nel periodo napoleonico ed austriaco sono diversi i cambi, elencati di seguito, di appartenenza istituzionale:
- nel 1797 è parte del Cantone di Alzano;
- il 6 marzo 1798 è parte del III Distretto di Alzano Maggiore;
- il 6 settembre 1798 è parte del XII Distretto della Nesa;
- il 13 maggio 1801 è parte del I Distretto di Bergamo;
- il 27 giugno 1804 è parte del IX Distretto della Nesa;
- nel giugno 1805 è parte del Cantone VI di Alzano Maggiore, del I Distretto di Bergamo;
- dal 1 gennaio 1810 al 12 febbraio 1816, assieme ad Alzano Sopra, è parte di Alzano
Maggiore;
- dal 12 febbraio 1816 riprende la sua autonomia come Comune del VI Distretto di Alzano
Maggiore
- nel 1853 è parte del II Distretto di Bergamo;
- dal 23 ottobre 1859 è parte del VIII Mandamento del Circondario Provinciale di Bergamo.
Soltanto dopo gli anni del dominio Napoleonico riprende la sua autonomia e alla fine del 1925 annette Olera (R.D. n.2507 del 31 dicembre 1925), che fino a quel momento era ancora amministrata dal comune di Poscante. Nel 1928 è il turno di Monte di Nese (R.D. n. 378 del 16 febbraio 1928). In fine, nel 1939, per decreto regio passerà al comune di Alzano Lombardo.